目前，中国医药电子商务主要有两种平台模式：自建自采平台模式和第三方电子商务平台模式。与其他行业电子商务的蓬勃发展相比，医药电子商务因交易物品的特殊性，其发展显得更为艰难。主要表现在：总体上电子商务应用分散，发展水平不高，从业公司规模偏小；从应用深度上，主要还是停留在信息服务层面，少有完整的电子商务服务；从商业模式上，网上药店发展受限制，以网上批发业务为主的B2B模式成为电子商务应用的主流。

不可否认，中国医药电子商务市场拥有巨大的潜力。2011年，美国网上药店的销售规模已占整个医药流通规模的近30%，而中国网上药店销售规模占医药流通的比例几乎可以忽略不计。虽然我国医药B2C还处于起步阶段，但并不缺乏潜力。据中国网上药店理事会报告预测，2012年，医药B2C的规模将达到15亿元，将会出现4~5家年销售额过亿元的网上药店。

近年来，中国医药电商商务领域所蕴藏的巨大潜力正日益引起国内制药企业的关注。中国保健品招商网调查报告显示：2011年，医药B2C的规模达到4亿元，已出现5家销售额达5000万元的网上药店。虽然业内人士十分热衷于医药电子商务，但现在就说电商的好日子将至还为时尚早。 因为药品并不如其他商品那样可以容易地进行体验，而且由于成本不同，网上药店不可能具有绝对明显的价格优势。

此外，政策的不明朗也给医药企业带来了更多的难题。

在宏观层面，医药电子商务的准入门槛高；相关政策法规尚不健全；无法与医保对接；监管仍存在漏洞，市场仍不规范；医药物流体系不完善。
　　在中观层面，医药电子商务的运营、维护投入高，盈利周期长；医药电子商务企业面临的成本压力高；网上销售药品的结构尚不合理；医药电子商务企业的咨询服务不完备。
　　在微观层面，医药电子商务也存在消费者对医药电子商务的认同问题；消费者的观念意识问题和部分医药企业社会责任缺失，非法医疗广告充斥着互联网等问题。