●2000年12月28日，广东省卫生监督所挂牌成立。
●2001年7月，联合广州等地卫生监督部门查处“白云区永康精米厂等三间大米加工厂违法生产劣质大米案”，该案被中央电视台焦点访谈节目评为2001年整顿和规范市场经济十大案件之一。
●2001年11月，与广州等地卫生监督部门密切合作，完成第九届全国运动会卫生保障工作。
●2002年6月，依据《职业病防治法》查处东莞安加鞋业有限公导致11名女工患有慢性职业性正己烷中毒事件。
●2003年，加强了对食品生产经营单位、公共场所、生活饮用水、中小学校、托幼机构和医院消毒隔离措施、消毒产品经营单位的监督检查，加强对各项传染病防治措施落实的监督，全力抗击非典，并出色完成任务。
●2003年4月，对广州康丽源生物保健品有限公司销售的“御秀堂养颜瘦身胶囊”、“清盈一号康之宝胶囊”产品进行查处，该案被列为卫生部当年“十大”要案之一。
●2003年3月，与各级卫生监督机构积极开展严厉查处餐饮业经营果子狸等违禁野生动物的行动。
●2003年4月，组织各地卫生监督机构加强对集贸市场、餐饮业、重点公共场所的监督检查，并派出多个督导组分赴河源等疫情发生地督导各项预防控制措施的落实。
●2004年3月，对德庆县单采血浆站违规采集外地供浆者血浆案件进行查处。
●2005年6月以来，组织各市卫生监督所、联合政府相关部门在全省范围内开展了声势浩大的打击非法行医专项行动，有效地整顿和规范了广东医疗服务市场。
